高效液相色谱仪梯度洗脱的流动相选择不当要注意溶剂的互溶性，不相混溶的溶剂不能用作梯度洗脱的流动相。有些溶剂在一定比例内混溶，超出范围后就不互溶，使用时更要引起注意。当有机溶剂和缓冲液混合时，还可能析出盐的晶体，尤其使用磷酸盐时需特别小心。

压力和流量不稳了？原因可能是气泡，需要排除；或者是单向阀内有异物，可卸下单向阀，浸入丙酮内超声清洗。有时可能是砂滤棒内有气泡，或被盐的微细晶粒或滋生的微生物部分堵塞，这时，可卸下砂滤棒浸入流动相内超声除气泡，或将砂滤棒浸入稀酸（如4mol/L硝酸）内迅速除去微生物，或将盐溶解，再立即清洗。

液相色谱对于多数药研人来说是很好上手的仪器，但是就算是用过几年、经验丰富的分析员也会习惯于一些错误的操作，导致挺贵的机器没用几次就坏了。简化分析过程固然重要，但是为了省时间而忽略了一些必不可少的步骤，损坏了实验室物资遭到前辈的无情diss，就得不偿失了（尤其是借来的仪器，就更应该爱惜图片）。

根据情況更换高效液相色谱仪连通阀内的在线过滤头（ 连通阀打开，纯水5 ml/min,压力超过10bar时需更换）。注意清洗高效液相色谱仪在线脱气机及比例阀，尤其是长期使用水相或缓冲盐的通路，使用纯水沖洗后，再使用甲醇沖洗，可以打开 Purge,使用5 mi/min的流速。

清洗使用过缓冲盐的高效液相色谱仪色谱柱时最好不要使用100%的水，因为大部分C1s柱并不适合纯水的流动相。使用磷酸盐鍰冲溶液，尽量避免和乙腈同时使用，因为磷酸盐在乙腈内溶解度很小。如果一定要使用的话，建议预先手动混合而非在线自动混合

高效液相色谱仪​样品在进样前必须经过适当的预先处理，需要经过亚微米滤膜的过滤或者离心，防止样品中的微小颗粒堵塞管路，最好使用流动相作为溶剂配制样品，所用溶剂应该对样品有较好的溶解性。