食品中有害成分的检测是食品监测的重要内容，如非法添加剂、农药残留、有毒物质、重金属离子等直接危害着人体的健康。
离子色谱仪可以准确分析出食品中含有的各种有害物质，保障人体的健康。
丙烯酰胺是一种极大可能具有致癌性的物质，淀粉类食品在高温烹调下容易产生丙烯酰胺，油炸淀粉食品中丙烯酰胺含量较高。
离子色谱仪排斥色谱-二极管阵列检测法可以测定土豆条、饼干、油炸食品中的丙烯酰胺，检测结果标准快速。
三聚氰胺是一种三嗪类含氮杂环有机化工原料用于造纸、皮革、医药、塑料等行业14，三聚氰胺分子中含氮量远高于蛋白质的平均含氮量，于是一些不法商家在食品中加入三聚氰胺以提高含氮量。长期摄入三聚氰胺，生殖、泌尿系统会受到损害，肾部、膀胱会形成结石，严重的能造成肾衰竭甚至膀胱癌。
离子色谱仪离子对色谱丰联质谱法可以测定了6种牛奶制品中的三聚氰胺。
离子色谱仪色谱-紫外检测法可以测定液态奶中的三聚氰胺。
吊白块化学名称甲醛次硫酸氢钠具有漂白作用，是一种国家禁止使用的非食品添加剂，长期使用含有吊白块的食品，会使皮肤粘膜、肾脏、肝脏受到危害，甚至会导致畸形和癌变。
离子色谱仪抑制电导检测法可以对水发食品中的吊白块进行检测，该方法灵敏、快速、简便。能够应用于实际样品的检测。
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