与前两类干扰峰相比，高效液相色谱仪液相系统干扰峰的解决更加困难。液相系统是一个动态过程，所以此类问题解决过程耗费时间长，而且要求实验人员有很高的色谱素养。对此类问题来源主要归结为三类：强保留物质、离子对污染和管路滋生细菌。首先是高效液相色谱仪强保留物质的干扰，其主要特征是宽峰。此类问题多数发生在等度洗脱中，梯度洗脱主要出现在高比例有机相处。这是由于强保留物质在当次进样中未洗脱出，在后续进样洗脱出来所致。对于此类干扰峰，可通过延长采集时间或增加洗脱强度来消除对后续样品的干扰。至于如何延长采集时间，读者可通过下面的公式计算得到。
N＝5.54*(tR/Wb/2)^2
由以上公式推导可知
tR＝Wb/2 *(N/5.54)^(1/2)
N-塔板数，在等度洗脱中N对所有峰相同
tR-保留时间
Wb/2-色谱峰半峰宽
尽管按照此公式计算会有一定误差，但这足以让高效液相色谱仪工作者对其进行预判，设置合理的采集时间。
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