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艾塔技术分享:如何进行核酸(DNA/RNA)的品质控制

发布时间:2019-08-30浏览:123

DNA或是RNA的样品制备几乎是所有生物技术最上游的技术之一,大家都知道上游会影响下游实验的品质与数据的可信度和重复性,但是往往大家专注的重点都在下游技术而忽略了最上游样品制备的品质,举例来说:对于NGS实验而言,若DNA样品的品质不合格最直接影响的就是产出的数据量不足或是导致数据丰度不够而不能呈现最真实的细胞状况 ; 对于qPCR实验来说,若RNA样品的品质不合格则会直接影响qPCR的Ct或是Cq值的关连性,而所得到的数据一样不可信。艾塔在这篇文章中会和大家分享进行DNA/RNA品质控制的方法:
 
艾塔自主研发的高效组织细胞样品处理系统是一种先进、快速、高效提取DNA、RNA和蛋白质的样品处理系统,能将任何来源(包括土壤植物和动物的组织/器官、细菌、真菌、孢子、古生物标本等)的DNA、RNA的蛋白质进行提取。使用方便,一次可以处理,1-24个样本,可在20秒内完成破碎和裂解,最大限度的避免核酸的降解和蛋白质的解离。高效的振荡,保证样品被全方位地充分破碎。
高效组织细胞样品处理系统
NanoDrop:不论是DNA或是RNA都是由核醣、磷酸基团以及碱基所构成。由于碱基具有被紫外光(260nm)吸收的特性,因此质控上我们可以利用此特性来计算DNA或是RNA的浓度。而依据A260/A280和A260/A230的比值则可以用来判定DNA或是RNA的纯度。在过去分光光度仪检测的步骤与操作比较繁琐,但自从NanoDrop仪器问世后,我们就可以用很简单的操作方式与很短的时间即可对DNA或是RNA进行质控,因此我们建议样品制备完后一定要至少使用此类型的仪器先进行质控。
 
高效组织细胞样品处理系统节约人员、时间、精力。
 
Qubit:Qubit是一种基于莹光染剂能非特异性和dsDNA结合来进行对DNA检测的一种仪器,目前来说,DNA样品制备后的质控也常使用这类型的仪器来分析,特别是进行dsDNA的定量。
 
高效组织细胞样品处理系统20秒内可破碎任何难处理的样品,仪器可有效降低实验成本中的时间、精力、机遇成本。
 
核酸电泳:虽然上述两个仪器的使用非常便利,但我们建议在DNA或是RNA样品制备完后仍需要搭配核酸电泳进行质控,因为核酸电泳能依照bands的分布与呈现直接判断DNA或是RNA的品质。
 
小片段PCR产物的比值:样品的核酸通常会随着时间而慢慢的分解形成小片段,这个时候我们可以透过存在于genomic DNA的Alu序列的PCR产物或是不同qPCR产物的浓度比值(例如:Alu247/Alu115比值、Q Score等)来判断DNA的完整性。
 
样品的DIN值(DNA Integrity Number):DIN值是一种DNA通过Agilent2100检测并经过软体计算所得到的数值,主要是用来评估DNA的完整性。
 
高效组织细胞样品处理系统保证样品处理的完全度,达到理想破碎效果,有效帮助提取组织细胞中的DNA/RNA/Protein。
 
以上,是几个主要用来进行DNA或是RNA品质判定的方法。
 
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