1.高压:高效液相色谱仪以液体为流动相(称为载液)，液体流经色谱柱，受到阻力较大，为了迅速地通过色谱柱，必须对载液施加高压。一般可达150~ 350x 105Pa。
2.高速:高效液相色谱仪流动相在柱内的流速较经典色谱快得多，一般可达1~10m/min。高效液相色谱仪所需的分析时间较之经典液相色谱法少得多，一般少于1h。
3. 高效:近来研究出许多新型固定相，使高效液相色谱仪分离效率大大提高。
4.高灵敏度:高效液相色谱仪已广泛采用高灵敏度的检测器，进一步提高了分析的灵敏度。如荧光检测器灵敏度可达10-11g。另外，用样量小，一般几个微升。
5.适应范围宽:气相色谱法与高效液相色谱仪的比较:气相色谱法虽具有分离能力好，灵敏度高，分析速度快，操作方便等优点，但是受技术条件的限制，沸点太高的物质或热稳定性差的物质都难于应用气相色谱法进行分析。而高效液相色谱仪，只要求试样能制成溶液，而不需要气化，因此不受试样挥发性的限制。对于高沸点、热稳定性差、相对分子量大(大于400以上)的有机物(这些物质几乎占有机物总数的75%~ 80%)原则上都可应用高效液相色谱仪来进行分离、分析。据统计，在已知化合物中，能用气相色谱分析的约占20%，而能用液相色谱仪分析的约占70~80%。
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